港区の人工島ポートアイランドにある月光館学園高等部に編入した主人公の少年は、怪物の襲撃をきっかけに「ペルソナ」という心の力に目覚める。
彼は特別課外活動部(S.E.E.S.)に加入し、仲間と共に「影時間」に現れる謎の怪物「シャドウ」を討伐するため戦い続ける。
果たして彼を待ち受ける運命とは…
オリジナルの良さをそのままに、『ペルソナ3』のゲーム体験がさらに快適に。
より爽快になったバトルシステムや、新たなグラフィックとギミックで探索しやすく
なったタルタロス。寮生活やコミュニティも正当に進化!
An aggregation vigilantly chosen to
vanquish the Shadows, will face Destiny.
Time won't wait for you, Destiny won't change for you.
1日と1日の狭間に存在し、通常の人間には知覚できない「影時間」。
この影時間を利用し、他人の復讐を代行するグループ「ストレガ」。
影時間の謎を追う主人公たちS.E.E.S.の前に立ちはだかり、敵対することとなる。